工藤新一是全国闻名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发觉，击晕后喂了奇妙的药水，工藤新一变回了小孩！新一寻到了经常关心他的阿笠博士，博士为他度身打造许多间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，背地追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻寻男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一能够籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个青年侦探团，向罪犯宣战！